L’émergence des zoonoses, une mécanique implacable

Jusqu’à l’émergence récente de la pandémie de Covid-19, peu de personnes connaissaient le mot de zoonose, qui désigne les maladies humaines dont l’agent infectieux est originaire d’une autre espèce animale dite « espèce réservoir ». Pourtant, plus de la moitié des maladies infectieuses humaines sont d’origine zoonotique, qu’il s’agisse par exemple de la grippe, de la peste, de la rougeole, de la borréliose (maladie de Lyme), de la maladie de Chagas ou de la rage, etc.

L’origine de certaines d’entre elles se perd dans les origines millénaires des sociétés humaines, à la suite de la fréquentation ou de la domestication d’espèces animales sauvages. D’autres zoonoses en revanche ont émergé très récemment, comme, par exemple, le sida, Ebola en Afrique, l’infection à virus Nipah en Asie, le mers au Moyen-Orient ou le sras en Asie. Face à l’accélération de ces zoonoses, l’initiative internationale One Health (Une santé) a vu le jour sous l’égide de l’Organisation mondiale de la santé, au début des années 2000.

Dans tous les cas, on le voit, l’émergence d’une nouvelle zoonose ou d’un nouveau pic épidémique suppose le même mécanisme de base. Plus les humains sont en promiscuité constante ou répétée avec d’autres animaux, plus les occasions d’acquérir des pathogènes et de les faire évoluer par sélection involontaire seront importantes.

Ce mécanisme semble trivial mais, précisément pour cette raison, il est implacable. Les humains ne peuvent pas vivre dans une bulle protectrice en permanence mais ils n’ont pas non plus tiré les conclusions qui s’imposaient de leur histoire en termes de maladies infectieuses. Ainsi, très inopportunément, la promiscuité entre animaux réservoirs de pathogènes et humains a significativement augmenté depuis plusieurs décennies.

Tout d’abord, les humains investissent les milieux de manière croissante, parce qu’ils sont plus nombreux mais aussi parce qu’ils disposent de moyens techniques considérablement plus puissants. Deux cents millions d’hectares de forêt tropicale ont ainsi disparus en quarante ans. Cette disparition procède non pas de la table rase immédiate mais plutôt d’une fragmentation et d’un morcellement démesuré des milieux forestiers. Il en résulte un paysage ressemblant à un patchwork, dont la particularité est d’augmenter de manière exponentielle la surface de contact entre la faune sauvage et les humains. De part et d’autre des lisières ainsi augmentées à l’infini, les animaux sauvages et les humains voyagent beaucoup à la recherche de ressources (approvisionnement alimentaire extra-forestier pour les animaux, chasse ou braconnage en forêt pour les humains). Les animaux résidant dans cette forêt fragmentée et amoindrie ont en outre des populations en moins bonne santé, moins régulées par leurs ennemis naturels. Leur charge en parasites et en pathogènes peut donc être plus élevée.

Un autre élément d’accélération des zoonoses provient évidemment de la rapidité et de l’ubiquité de nos transports. Autrefois, des villageois infectés seraient restés isolés par la force des choses et leur maladie se serait peu (ou pas) transmise, voire serait passée inaperçue des autorités. Nos moyens de transport accélèrent non seulement la diffusion des maladies d’humains à humains mais aussi d’animaux sauvages à humains quand les premiers sont eux-mêmes passagers de nos moyens de transport, en tant qu’animaux braconnés ou transportés involontairement.

Certaines zoonoses (infection à virus Zika, dengue) ont ainsi pour vecteurs des espèces exotiques envahissantes comme le moustique tigre, Aedes albopictus, passager clandestin de bien des transports humains. Enfin, la crise de l’environnement a également d’autres effets, notamment à la suite du changement climatique, qui permet à certains réservoirs ou vecteurs d’augmenter ou de changer leur aire de répartition, y compris dans les milieux convertis et déséquilibrés par les humains.

Autant la tendance à l’augmentation des zoonoses et ses causes sont avérées, comme le montrent les conclusions des expertises collégiales française (FRB) et internationale (IPBES) en 2020, autant il est parfois difficile de reconstruire les évènements précis qui ont présidé à l’émergence d’une nouvelle maladie. On le voit dans le cas de la Covid-19, où les conjectures sur l’origine de la maladie frisent parfois les théories du complot, à la mesure de l’intérêt pour une pandémie qui affecte le monde entier.

Il faut se rappeler que les connaissances nécessaires à la compréhension d’un tel phénomène sont rarement disponibles de manière instantanée. Les pathogènes et les animaux réservoirs sont toujours trop mal connus et l’effort d’échantillonnage de la biodiversité est au ralenti depuis des décennies. Il faut souvent plusieurs années, voire plus d’une ou de plusieurs décennies, pour que l’origine d’une maladie soit à peu près élucidée.

Ainsi le sida, apparu chez les humains au début du XX^e siècle par transmission depuis d’autres primates, est-il déclaré épidémie seulement en 1981 avec un virus identifié en 1983. Le premier syndrome du sras est apparu en Asie en 2002 mais c’est seulement en 2017 que des populations précises de chauves-souris porteuses de virus sont proposées comme possibles réservoirs d’origine. Chaque semestre depuis le début de l’épidémie de Covid-19 nous amène la découverte d’un nouveau coronavirus apparenté au sars-Cov-2 (en Thaïlande, au Cambodge et récemment au Laos) et permettant de mieux comprendre l’évolution de ces virus et l’origine de celui qui cause la pandémie actuelle.

En définitive, nous devons envisager les solutions pour empêcher la multiplication des zoonoses. On sait que cela revient à agir sur les causes de leur apparition, qui sont d’ailleurs autant de déterminants de la crise du climat et de la biodiversité : diminuer la conversion des milieux et l’interfaçage qui en résulte entre animaux réservoirs et humains, l’introduction d’espèces exotiques vectrices, les élevages industriels ou le braconnage d’animaux, qui augmentent également les transmissions d’agents infectieux. Continuer à explorer la biodiversité permettra aussi de se tenir prêt à agir en cas de problème et de pouvoir identifier au plus vite pathogènes et réservoirs.

Extrait de l'ouvrage La Terre, le vivant, les humains (Coédition MNHN / La Découverte), 2022.